З 2012 року Луганська митниця розпочала роботу відповідно до нової структури та штатного розпису, затверджених Головою Державної митної служби І.Г.Калєтніком від 26.12.2011 та введених в дію наказом Луганської митниці від 27.12.2011 № 954.
     З 20 січня митниця запрацювала в оновленому режимі. Наказом по митниці особовий склад призначено на нові посади, а деякі працівники проходять стажування на вищі посади.
    Штатна чисельність Луганської митниці співпадає з фактичною та становить 540 одиниць.
      Істотні структурні зміни позначилися як на прикордонній ділянці, так і на внутрішніх підрозділах митниці.
      Відтепер Луганська митниця налічує 33 структурних підрозділи, 18 з яких митні пости (7 внутрішніх, 11 прикордонних).
     Так, статус митних постів набули 6 відділів митного оформлення у пунктах пропуску митного поста «Старобільськ», а також створено митний пост «Луганськ-центральний», який поєднує в собі виконання функцій, що попередньо виконували відділи митного оформлення № 1, 2, 3.

     Отже, відтепер в зоні діяльності Луганської митниці функціонують:
•    Митний пост «Луганськ-центральний»;
•    Митний пост «Алчевськ»;
•    Митний пост «Красна Талівка»;
•    Митний пост «Довжанський»;
•    Митний пост «Червонопартизанськ»;
•    Митний пост «Свердловськ»;
•    Митний пост «Червона Могила»;
•    Митний пост «Ізварине»;
•    Митний пост «Красний Луч»;
•    Митний пост «Сєвєродонецьк»;
•    Митний пост «Лисичанськ»;
•    Митний пост «Старобільськ»;
•    Митний пост «Мілове»;
•    Митний пост «Просяне»;
•    Митний пост «Лантратівка»;
•    Митний пост «Дьоміно-Олександрівка»;
•    Митний пост «Новобіла»;
•    Митний пост «Танюшівка».

     Наступні зміни відбулися у підрозділах, що розташовані в центральному офісі митниці.
     Так, згідно нової структури,  в адмінбудинку митниці розташовані та функціонують наступні підрозділи:
•    Служба боротьби з контрабандою та порушеннями митних правил;
•    Відділ фінансів, бухгалтерського обліку та звітності;
•    Відділ кадрової роботи;
•    Відділ організації митного контролю;
•    Відділ митних платежів;
•    Відділ митних інформаційних технологій;
•    Відділ митного аудиту;
•    Господарсько-експлуатаційний відділ;
•    Відділ організаційного та документального забезпечення;
•    Відділ правового забезпечення;
•    Відділ оперативних чергових;
•    Головний інспектор із захисту державної таємниці та спеціального документального зв‘язку;
•    Головний інспектор з охорони праці, мобілізаційної роботи та цивільної оборони;
•    Головний інспектор із зв’язків з громадськістю – прес-секретар;
•    Головні інспектори з питань протидії корупції.